El Convento de los Carmelitas Descalzos, fundado en 1603 a las afueras de la ciudad, fue una construcción dirigida por los propios carmelitas. A lo largo de los siglos, el convento ha sufrido varias reformas y cambios, siendo ampliado en la segunda mitad del siglo XVIII con la construcción de las naves laterales. A mediados del siglo XX, debido a la necesidad de restaurar el templo, se vendieron varios de sus retablos, lo que ha afectado a su estado actual y lo ha alejado de su diseño original.
El interior del convento alberga un retablo clasicista, obra de los tracistas de la Orden, y la destacada imagen de la Virgen del Carmen, atribuida a Gregorio Fernández. Esta imagen fue coronada canónicamente como Reina de la Ribera el 16 de julio de 1957, y desde entonces, cada año se celebran festividades en su honor, con la presencia de fieles de toda la comarca.
Una de las capillas más interesantes es la última a la derecha (la primera según se entra al templo), que conserva la lápida del obispo Alfonso de Mena y Borja, conocido como El Obispo Incrédulo. Se ganó este apodo debido a que no creía que los frailes se levantaran a medianoche para rezar los Maitines. Al comprobar que esto era cierto, se disculpó públicamente y pidió ser enterrado en un lugar donde los frailes tuvieran que pisar su tumba al entrar a rezar. Aunque la lápida se encuentra en la pared, en lugar de en el suelo como él deseaba, esto se hizo para evitar que estorbara el paso.
El convento sufrió gravemente durante la Desamortización de 1835-1837, conocida como la desamortización de Mendizábal. Sin embargo, fue restaurado en 1883 por los padres carmelitas franceses, quienes pertenecían a la provincia eclesiástica de Avignon-Aquitania. En 1922, el convento fue ocupado por los padres carmelitas españoles de la provincia de Navarra, y en 1927, pasó a ser gestionado por los padres carmelitas de la provincia de San Juan de la Cruz de Burgos. Actualmente, el convento es habitado por los padres carmelitas de la provincia de San Joaquín de Navarra, quienes llegaron a la ciudad el 28 de septiembre de 1970.
